Né dans une famille juive modeste (son père est marchand de bois et sa mère petite employée), il est déporté à Auschwitz en 1944, à l'âge de 15 ans, puis transféré à Buchenwald. Cette expérience douloureuse le marque profondément et nourrit toute son œuvre, intimement liée à l'exorcisation de ce traumatisme et à l'édification d'une patrie littéraire pour un être condamné à constater l'absurdité du monde car on lui a, un jour, « refusé le statut d'être humain ». Revenu en Hongrie, en 1945, il se retrouve seul, tous les membres de sa famille ayant disparu. En 1948, il commence à travailler comme journaliste. Mais le journal dans lequel il travaille devient l'organe officiel du Parti communiste en 1951, et Kertész est licencié. Il travaille alors quelques temps dans une usine, puis au service de presse du Ministère de l'Industrie. Congédié à nouveau en 1953, il se consacre dès lors à l'écriture et à la traduction. C'est la découverte d'Albert Camus (avec la lecture de L'Étranger) qui lui révèle, à 25 ans, sa vocation. La philosophie de l'absurde sera par ailleurs un modèle fondateur pour son œuvre. À partir de la fin des années 1950 et tout au long des années 1960, il écrit des comédies musicales pour gagner sa vie. Il traduit de nombreux auteurs de langue allemande, tels que Nietzsche, Hofmannsthal, Schnitzler, Freud, Roth, Wittgenstein et Canetti, qui ont eu une influence sur sa création littéraire. Dans les années 1960, il commence à écrire Être sans Destin, récit d'inspiration autobiographique, sobre, distancié et parfois ironique sur la vie d'un jeune déporté hongrois. L'ouvrage ne peut paraître qu'en 1975, pour un accueil assez modeste. C'est seulement après sa réédition, en 1985, qu'il connaît le succès. Tenu à l'écart par le régime communiste, Kertész ne commence à être reconnu comme un grand écrivain qu'à la fin des années 1980. Il obtient en 2002 le prix Nobel de littérature, « pour une œuvre qui dresse l'expérience fragile de l'individu contre l'arbitraire barbare de l'histoire ».

Kertész Imre est décédé le 31 mars 2016 à Budapest.