Né à Casablanca, le 17 avril 1953, où il passe son enfance, Pierre Assouline rejoint la France et suit des études secondaires au cours Fidès et au lycée Janson-de-Sailly de Paris. Après des études à l'université de Nanterre et à l'École des langues orientales, il devient journaliste.
Il travaille d'abord pour des agences (Apei, Asa Press, Fotolib) avant d'entrer aux services "étranger" du Quotidien de Paris (1976-1978) puis de France Soir (1979-1983), tout en enseignant au Centre de perfectionnement des journalistes et en collaborant à L'Histoire (1979).
À partir du milieu des années 1980, il se rapproche du monde littéraire : il écrit plusieurs livres sur l'histoire culturelle récente, à commencer par une biographie de Gaston Gallimard, et devient conseiller littéraire des éditions Balland (1984-1986). Il entre comme journaliste au magazine Lire (1985), dont il devient directeur de la rédaction en 1993.
Homme de radio (France Inter (1986-1990) ; RTL (1990-1999) ; ponctuellement sur France Culture), il est également chroniqueur au Monde 2, critique pour Le Nouvel Observateur, et membre du comité de rédaction du mensuel L'Histoire. Il est chargé de conférence à l'Institut d'études politiques de Paris, pour le cours de lecture / écriture en première année et à l'école de journalisme de cet institut.
Le roman Lutetia (éditions Gallimard) a obtenu en 2005 le Prix des Maisons de la Presse. Ce roman a inspiré le réalisateur Frédéric Schoendoerffer pour son film Lutetia.
Le 10 octobre 2007, Pierre Assouline a obtenu le Prix de la langue française qui récompense "l'œuvre d'une personnalité du monde littéraire, artistique ou scientifique qui a contribué, de façon importante, par le style de ses ouvrages ou son action, à illustrer la qualité et la beauté de la langue française".
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